バイオ配列特許検索ガイド

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バイオ配列特許検索は、専門的なツールと業界知識を必要とするユニークなタイプのライフサイエンス検索です。前回のウェビナーでは、Questel の Juliane Wissuwa が、生物学的配列の効果的な特許検索手法と、専門的な検索ツールを選択する利点について説明しました。ここでは、彼女のプレゼンテーションの要点をまとめます。

生物学的配列（またはバイオ配列）は、DNA/RNA またはタンパク質を形成し、生物の発達、機能、成長、および生殖に関する指示を伝達する、核酸またはアミノ酸の単一の連続分子です。

バイオ配列には、酵素、抗体、ホルモン、阻害分子、遺伝子組み換え用の位置決め分子 (CRISPR/Cas) に関する情報が含まれています。これらは、製薬業界、バイオテクノロジー、農薬、食品、酵素などのさまざまな業界や学術分野、および技術移転機関 (TTO) や研究開発 (R&D) 機関で特許として取得されています。

バイオ配列特許検索、DNA文字列の例 — *DNA 配列のバイオ配列文字列の例 (上) と、タンパク質に変換されたバイオ配列文字列 (下)。*

これらの特許は、生物製剤、ワクチン、医薬品などの医薬品関連の発明だけでなく、診断や生体触媒（バイオテクノロジー）、発酵、遺伝子組み換え作物、植物や動物の育種（農業）、香料や強化分子（食品）におけるイノベーションも対象としています。

しかし、バイオ配列の特許には「標準」というものは存在しません。なぜなら、配列の長さは数残基から数百万残基まで様々であり、特許は小さな断片のみ、あるいはゲノム全体を捕捉する可能性があるからです。

バイオ配列特許検索の特有の課題

バイオ配列は連続した一連の文字として記録されますが (上図参照)、特許請求の範囲ではそのように表示されることはほとんどありません。ほとんどの場合、番号が付けられるか、表で表示されるか (下図上部参照)、または添付ファイルで表または付録として参照されます。

バイオ配列特許検索、特許引用例

さらに、特許では、特定のアミノ酸残基を参照する以下の例に示すように、バイオ配列全体またはサブ配列を参照する場合があります。

バイオ配列特許検索、特許引用サブシーケンスの例

最後に、特許はバイオ配列を請求するか、単に情報として開示するだけです。

バイオシーケンス特許検索の詳細

「通常の」特許検索はセマンティック検索であり、キーワードと同義語をブール演算子と組み合わせ、切り捨てやワイルドカードを使用して検索範囲を絞り込みます。ただし、このタイプの検索は、次の 2 つの問題が発生するため、バイオ配列特許検索には適用できません。

まず、上で説明したように、バイオ配列は特許テキストに直接表示されることはなく、補足資料や付録として、または表の中に追加されることが多いです。
第二に、バイオシーケンスでは文字内に小さな変化があっても機能は同じであるため、切り捨て/ワイルドキャット検索ですべての変化を予測するのは困難であり、時間がかかることは言うまでもありません。

代わりに、特定のバイオ配列形式 (FASTA) に従って検索し、長さなどの固有のバイオ配列パラメータに従って検索パラメータを調整できる専用のツールが必要です。

Orbit Intelligenceでバイオ配列特許検索を実行する方法

Orbit BioSequence は、配列間の類似性を比較するための専用ツールです。以下に示すように、ユーザーは、核酸またはアミノ酸として FASTA 形式の生物学的配列を検索し、複数の検索で同じ配列タイプを使用し、特定の生物学的配列に応じて検索パラメータを調整することができます。

クエリの長さ: 長い/短い/動機;
適切なデータベース: 最も網羅的な結果を得るには、ヌクレオチドまたはタンパク質のデータベース、あるいはその両方。
対象シーケンスの長さ: プライマーとして短いシーケンスを検索するための長さを制限します (全ゲノム情報を検索する必要がない場合があるため)。

*Orbit BioSequence でのバイオ配列特許検索の例 ©Questel*

結果が限られた数しか表示されない場合は、手動で確認できる可能性があります。ただし、バイオ配列特許検索では、数百または数千の結果が表示される場合が多いため、 Orbit BioSequenceには、ノイズを除去して結果を絞り込んだり集中させたりするための専門フィルターが含まれています。

バイオシーケンスフィルターを使用すると、クエリまたは主題の一致率、エラーまたはギャップの数、主題またはアライメントの長さに応じてフィルター処理できるほか、検索をクレームに制限して、シーケンスをクレームする (参照するのではなく) 特許のみを表示することもできます。
特許フィルターは、以下の方法でFTO検索に役立ちます。法的ステータス、出願年、公開国別にフィルタリングできます。これにより、同一または類似の配列を特定するために必ずしも世界中で検索する必要がなくなります。
関連性フィルターを使用すると、キーワード (セマンティック)、国際特許分類 (IPC) 番号、譲受人による検索や、訴訟、異議申立、ライセンスなどに関係する特許の抽出が可能になります。
詳細検索オプションを使用すると、バイオシーケンス検索とキーワード検索を組み合わせて、貴重なバイオシーケンス情報を失うことなくノイズを減らすことができます。

無料のデータベースと有料のデータベースの違いは何ですか?

バイオ配列特許検索には無料のデータベースとライセンス付きのデータベースがありますが、留意すべき違いがいくつかあります。

検索
無料データベースは、バイオ配列特許の情報源として特定の Web サイトに焦点を当てる傾向があるため、カバー範囲が限られていることが多く、最新ではない可能性があります。
有料データベースは、特許庁から直接情報を収集するため、特許配列データをより広範かつ正確にカバーします。
統合
無料のデータベースでは、特許情報で結果をフィルタリングするオプションが限られており、多くの場合、特許に関するデータはほとんどありません。
有料データベースには、キーワード検索と全文検索を組み合わせる機能など、特許専門家向けに特別に開発された高度なフィルタリングオプションが含まれています。
画面
無料のデータベースは通常、ユーザーフレンドリーではなく、利用可能な配列マッチング情報が限られています。
有料データベースでは、配列アライメントをよりわかりやすく包括的に表示できるため、スクリーニングが容易になります。
データのエクスポート
無料のデータベースでは、データのエクスポートが容易ではなく、フォーマットオプションも限られています。
有料データベースでは、レポートをカスタマイズする機能など、さまざまな形式のデータエクスポートが提供されます。
サポート
無料のデータベースは料金がかからないかもしれませんが、サポートも提供されません。
有料データベースでは、追加のレイヤーが提供されたり、ライセンス料の一部がサポートされたりするため、サプライヤーに質問したり、検索を改善するためのガイダンスを入手したり、不明な点がある場合やリソースが不足している場合はサプライヤーに検索を依頼したりすることもできます。

バイオシーケンス特許検索のベストプラクティス

包括的、正確、かつ精密なバイオ配列特許検索結果を生成するには、特許作成と特許検索の両方の詳細を理解する必要があります。

Orbit BioSequence などの専用のバイオ配列特許検索ツールを使用すると、結果を取得して絞り込むために必要なデータ、検索パラメータ、フィルターが提供されます。

バイオ配列データを検索するときに重要なのは、完全な検索結果を得るために特許全体を考慮する必要があることです。

最後に、先行技術検索を BioSequence の主題専門家にアウトソーシングすると、追加のサポートが受けられます。法的意見を発行したり、侵害に対する申請や防御を提出したりする前に、必要な質の高い検索結果を見つけてください。

バイオシーケンス特許検索の詳細については、オンデマンドウェビナー「従来の先行技術検索を超えて」をご覧いただくか、 Orbit Biosequenceのデモをリクエストするか、当社の専門家にお問い合わせください。

著者について

Juliane Wissuwa

Questel のライフサイエンス部門のビジネスインテリジェンスコンサルタントであり、応用微生物学の博士号を取得しています。