Guide de recherche de brevets sur les séquences biologiques

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La recherche de brevets sur les séquences biologiques est un type unique de recherche dans le domaine des sciences de la vie qui nécessite des outils spécialisés et des connaissances du secteur. Dans notre précédent webinaire , Juliane Wissuwa de Questel a évoqué les techniques efficaces de recherche de brevets pour les séquences biologiques et les avantages du choix d'un outil de recherche spécialisé. Nous résumons ici les points clés de sa présentation.

Les séquences biologiques (ou bioséquences) sont des molécules uniques et continues d'acide nucléique ou d'acide aminé, formant de l'ADN/ARN ou des protéines et portant des instructions pour le développement, le fonctionnement, la croissance et la reproduction des organismes.

Les séquences biologiques contiennent des informations sur les enzymes, les anticorps, les hormones, les molécules inhibitrices ou les molécules de positionnement pour la modification génétique (CRISPR/Cas). Elles sont enregistrées sous forme de brevets dans divers secteurs industriels et universitaires, notamment l'industrie pharmaceutique, les secteurs biotechnologique, agrochimique, alimentaire et des enzymes, ainsi que par les bureaux de transfert de technologie (BTT) et les instituts de recherche et développement (R&D).

Recherche de brevets sur les séquences biologiques, exemple d'une chaîne d'ADN — *Exemple de chaîne de séquence biologique pour une séquence d'ADN (en haut) et traduite en protéine (en bas).*

Ces brevets couvrent non seulement les inventions liées aux médicaments, telles que les produits biologiques, les vaccins et les médicaments, mais également l’innovation dans les diagnostics et les biocatalyseurs (biotechnologie), la fermentation, les cultures modifiées, la sélection végétale et animale (agriculture) et les molécules aromatisantes ou améliorantes (alimentation).

Il n’existe cependant pas de brevet de séquence biologique « standard », car les chaînes varient en longueur, de quelques résidus à plusieurs millions, et les brevets peuvent ne couvrir qu’un petit fragment ou un génome entier.

Les défis uniques de la recherche de brevets sur les séquences biologiques

Bien que représentées sous la forme d'une série consécutive de lettres (comme illustré ci-dessus), les séquences biologiques sont rarement présentées comme telles dans les revendications de brevets. Le plus souvent, elles sont numérotées ou affichées dans des tableaux (comme indiqué ci-dessous, en haut) ou référencées dans les pièces jointes sous forme de tableau ou d'annexe.

Recherche de brevets sur les séquences biologiques, exemple de citation de brevet

En outre, un brevet peut faire référence à une séquence biologique entière ou à une sous-séquence, comme on peut le voir dans l'exemple ci-dessous, où il fait référence à des résidus d'acides aminés spécifiques :

Recherche de brevets par séquence biologique, exemple de sous-séquence de citation de brevet

Enfin, un brevet peut revendiquer la séquence biologique ou simplement la divulguer à titre informatif.

Spécificités de la Recherche de brevets sur les séquences biologiques

Les recherches de brevets « normales » sont des recherches sémantiques, utilisant des mots-clés et des synonymes combinés à des opérateurs booléens et des troncatures et/ou des caractères génériques pour restreindre le champ de recherche. Cependant, ce type de recherche n’est pas applicable à la recherche de brevets sur les séquences biologiques, car elle soulève deux problèmes :

Premièrement, comme expliqué ci-dessus, les séquences biologiques ne sont souvent pas directement affichées en tant que telles dans le texte du brevet, mais plutôt ajoutées sous forme de suppléments/annexes ou dans des tableaux ;
Deuxièmement, les séquences biologiques peuvent contenir de petites variations au sein des lettres mais avoir toujours les mêmes fonctions, ce qui rend difficile, sans parler du temps nécessaire, l’anticipation de toutes les variations avec des troncatures/recherches sauvages.

Au lieu de cela, vous avez besoin d’un outil dédié qui vous permet d’effectuer une recherche en fonction du format de séquence biologique spécifique (FASTA) et d’adapter les paramètres de recherche en fonction des paramètres de séquence biologique uniques, tels que la longueur.

Comment effectuer une Recherche de brevet de séquence biologique sur Orbit Intelligence

Orbit BioSequence est un outil dédié à la comparaison de similarité entre séquences. Comme indiqué ci-dessous, il permet aux utilisateurs de rechercher des séquences biologiques au format FASTA, soit sous forme d'acides nucléiques ou aminés, d'utiliser le même type de séquence dans plusieurs recherches et d'adapter les paramètres de recherche en fonction de la séquence biologique spécifique, notamment :

Longueur de la requête : longue/courte/motif ;
Base de données appropriée : base de données nucléotidique ou protéique ou les deux pour les résultats les plus exhaustifs ;
Longueur de la séquence du sujet : limitez la longueur pour rechercher une séquence courte comme amorce (car vous n'aurez peut-être pas besoin de rechercher des informations sur l'ensemble du génome).

*Exemple de recherche de brevet de séquence biologique dans Orbit BioSequence ©Questel*

Si vous ne recevez qu'un nombre limité de résultats, vous pourrez peut-être les examiner manuellement. Cependant, de nombreuses recherches de brevets par séquence biologique génèreront des centaines, voire des milliers de résultats. C'est pourquoi Orbit BioSequence inclut des filtres spécialisés pour aider à éliminer le bruit et à affiner ou concentrer les résultats.

Le filtre Biosequence vous permet de filtrer en fonction du pourcentage de correspondance de la requête ou du sujet, du nombre d'erreurs ou de lacunes et des longueurs du sujet ou de l'alignement, ainsi que de limiter votre recherche aux revendications, de sorte que les brevets ne soient affichés que ceux qui revendiquent (plutôt que de référencer) la séquence.
Le filtre de brevets permet d'éclairer les recherches sur la liberté d'exploitation en vous permettant de filtrer par statut juridique, année de dépôt et pays de publication. Cela vous évite d'avoir à effectuer une recherche dans le monde entier pour identifier une séquence identique ou similaire.
Le filtre de pertinence vous permet d'effectuer une recherche par mot-clé (sémantique), par numéro de classification internationale des brevets (IPC) et par cessionnaire, ou même d'extraire des brevets impliqués dans des litiges, des oppositions, des licences, etc.
L'option Recherche avancée vous permet de combiner les recherches de séquences biologiques avec des recherches par mots clés pour réduire le bruit sans perdre d'informations précieuses sur les séquences biologiques.

Bases de données gratuites et payantes : quelle est la différence ?

Il existe des bases de données gratuites et sous licence disponibles pour la recherche de brevets de séquençage biologique, mais il existe plusieurs différences à garder à l'esprit.

Recherche
Les bases de données gratuites ont tendance à se concentrer sur des sites Web spécifiques comme sources de brevets de séquences biologiques, ce qui signifie que la couverture est souvent limitée et peut ne pas être à jour.
Les bases de données payantes offrent une couverture plus large et plus précise des données de séquence de brevets car elles collectent des informations directement auprès des offices de brevets.
Intégration
Les bases de données gratuites disposent d'options limitées pour filtrer les résultats par informations sur les brevets, avec dans de nombreux cas pratiquement aucune donnée sur les brevets.
Les bases de données payantes incluent des options de filtrage avancées développées spécifiquement pour les professionnels des brevets, notamment la possibilité de combiner des recherches par mots-clés et en texte intégral.
Afficher
Les bases de données gratuites ne sont généralement pas conviviales et disposent d'informations limitées sur la correspondance des séquences.
Les bases de données payantes fournissent un affichage plus simple et plus complet des alignements de séquences, ce qui les rend plus faciles à filtrer.
Exportation de données
Les bases de données gratuites ne facilitent pas les exportations de données et n'offrent pas d'options de formatage limitées.
Les bases de données payantes offrent différents formats pour les exportations de données, y compris la possibilité de personnaliser les rapports.
Soutien
Les bases de données gratuites ne nécessitent peut-être pas de frais, mais elles ne fournissent pas non plus d'assistance.
Les bases de données payantes fournissent cette couche supplémentaire ou prennent en charge une partie des frais de licence, vous pouvez donc poser des questions au fournisseur, obtenir des conseils pour améliorer votre recherche et même lui demander d'effectuer une recherche pour vous si vous n'êtes pas sûr ou si vous manquez de ressources.

Meilleures pratiques en Recherche de brevets sur les séquences biologiques

Pour produire des résultats de recherche de brevets de bioséquence complets, précis et exacts, vous devez comprendre à la fois les spécificités de la rédaction et de la recherche de brevets.

L’utilisation d’un outil de recherche de brevets de séquence biologique dédié, tel qu’Orbit BioSequence, vous fournira les données, les paramètres de recherche et les filtres dont vous avez besoin pour obtenir et affiner les résultats.

Tout aussi important lors de la recherche de données de séquence biologique, vous devez prendre en compte l'ensemble du brevet pour obtenir des résultats de recherche complets.

Enfin, confier vos recherches d'antériorités à un expert en la matière de BioSequence peut vous apporter un soutien supplémentaire. Avant de rendre un avis juridique ou de déposer une demande ou une défense contre une contrefaçon, laissez-nous trouver les résultats de recherche de qualité dont vous avez besoin.

Pour en savoir plus sur la recherche de brevets par séquence biologique, regardez notre webinaire à la demande « Au-delà de la recherche traditionnelle d'antériorité » , demandez une démonstration d' Orbit Biosequence ou contactez nos experts en la matière .

À propos de l'auteur

Juliane Wissuwa

est consultant en Business Intelligence en Sciences de la Vie chez Questel et titulaire d'un doctorat en Microbiologie Appliquée.