Ein Leitfaden zur Patentrecherche für Biosequenzen

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Die Patentrecherche nach Biosequenzen ist eine hochspezialisierte Disziplin im Bereich der Life Sciences, die spezifische Werkzeuge und tiefgehendes Fachwissen erfordert. In unserem letzten Webinar erläutert Juliane Wissuwa von Questel effektive Suchstrategien für Patente biologischer Sequenzen und die Vorteile spezialisierter Recherchetools. Hier fassen wir die wichtigsten Punkte ihrer Präsentation zusammen.

Biologische Sequenzen (Bio-Sequenzen) sind einzelne, kontinuierliche Moleküle aus Nukleinsäuren oder Aminosäuren. Sie bilden die Grundlage von DNA, RNA oder Proteinen und tragen essenzielle Informationen für die Entwicklung, Funktion, das Wachstum und die Reproduktion von Organismen.

Biosequenzen enthalten Informationen zu Enzymen, Antikörpern, Hormonen, Inhibitoren oder Molekülen für die genetische Modifikation (CRISPR/Cas). Patente auf biologische Sequenzen finden sich in einer Vielzahl von Branchen – von der Pharma- und Biotechnologie über die Agrarchemie, Lebensmittel- und Enzymforschung bis hin zu Technologietransferstellen (TTOs) und Forschungs- sowie Entwicklungsinstituten (F&E).

Patentsuche nach Biosequenzen, Beispiel einer DNA-Zeichenfolge — *Beispiel einer Biosequenzzeichenfolge für eine DNA-Sequenz (oben) und übersetzt in ein Protein (unten).*

Diese Patente schützen weit mehr als nur pharmazeutische Erfindungen wie Biologika, Impfstoffe und Medikamente. Sie spielen auch eine entscheidende Rolle in der Diagnostik und Biokatalyse (Biotechnologie), der Fermentation, der Entwicklung modifizierter Pflanzen, der Pflanzen- und Tierzucht (Agrarsektor) sowie bei Aromen und Geschmacksverstärkern (Lebensmittelindustrie).

Ein „Standard“-Patent für Biosequenzen existiert jedoch nicht. Die Sequenzen variieren stark in ihrer Länge – von wenigen Aminosäuren bis zu mehreren Millionen. Patente können dabei sowohl kleine Fragmente als auch komplette Genome erfassen, was die Recherche und Analyse besonders anspruchsvoll macht.

Die besonderen Herausforderungen der Patentrecherche für Biosequenzen

Obwohl Biosequenzen als aufeinanderfolgende Buchstabenfolgen erfasst werden (siehe oben), erscheinen sie in Patentansprüchen selten in dieser Form. Stattdessen werden sie meist nummeriert, in Tabellen dargestellt (siehe unten) oder in Anhängen als Tabellen oder Anhänge referenziert.

Patentrecherche zu Biosequenzen, Beispiel einer Patentzitierung

Darüber hinaus kann sich ein Patent auf eine vollständige Biosequenz oder eine Teilsequenz beziehen, wie im folgenden Beispiel zu sehen ist, wo auf bestimmte Aminosäurereste Bezug genommen wird:

Patentsuche nach Biosequenzen, Beispiel einer Patentzitierungs-Teilsequenz

Darüber hinaus kann eine biosequenzbasierte Erfindung entweder direkt beansprucht oder lediglich zur Information offengelegt werden.

Besondere Anforderungen an die Patentrecherche für Biosequenzen

"Normale" Patentrecherchen basieren auf semantischen Suchen, bei denen Schlüsselwörter, Synonyme und Boolesche Operatoren mit Trunkierungen oder Platzhaltern kombiniert werden, um die Suchergebnisse gezielt einzugrenzen. Doch dieser Ansatz ist für die Patentrecherche biologischer Sequenzen nicht geeignet – aus zwei wesentlichen Gründen:

Erstens werden Biosequenzen, wie oben erläutert, häufig nicht direkt als solche im Patenttext dargestellt, sondern als Anhänge, Tabellen oder Supplemente hinzugefügt.
Zweitens können Biosequenzen kleine Variationen innerhalb der Buchstaben enthalten, aber dennoch die gleiche Funktion haben. Da biologische Sequenzen trotz minimaler Unterschiede dieselben Eigenschaften aufweisen können, ist es äußerst schwierig und zeitaufwendig, alle möglichen Variationen mit Trunkierungen oder Wildcard-Suchen zu erfassen.

Für eine effiziente Patentrecherche ist ein spezialisiertes Tool unerlässlich, das gezielt im biosequenzspezifischen FASTA-Format sucht. Dank individuell anpassbarer Suchparameter, wie etwa der Sequenzlänge, können präzisere und relevantere Treffer erzielt werden.

So führen Sie eine Patentrecherche für Biosequenzen mit Orbit Intelligence durch

Orbit BioSequence ist ein spezialisiertes Tool zur Ähnlichkeitsanalyse biologischer Sequenzen. Wie unten dargestellt, ermöglicht es Nutzern, gezielt nach Sequenzen im FASTA-Format zu suchen – sowohl für Nukleinsäuren als auch für Aminosäuren. Darüber hinaus können dieselben Sequenztypen in mehreren Suchvorgängen verwendet und die Suchparameter individuell an die jeweilige biologische Sequenz angepasst werden:

Orbit BioSequence , darunter:

Abfragelänge: lang/kurz/motivspezifisch;
Geeignete Datenbank: Auswahl zwischen Nukleotid-, Protein- oder beiden Datenbanken für umfassendste Ergebnisse
Länge der Objektsequenz: Begrenzung der Suchlänge, um gezielt nach kurzen Sequenzen wie Primern zu suchen – ohne die Notwendigkeit, gesamte Genome zu durchsuchen.

*Beispiel einer Biosequenz-Patentsuche in Orbit BioSequence ©Questel*

Bei einer geringen Anzahl an Treffern lassen sich die Ergebnisse oft noch manuell überprüfen. Doch viele Patentrecherchen zu biologischen Sequenzen liefern Hunderte oder sogar Tausende von Ergebnissen. Orbit BioSequence bietet daher spezialisierte Filter, um irrelevante Treffer auszuschließen und die Ergebnisse gezielt einzugrenzen.

Der Biosequence-Filter ermöglicht es Ihnen, die Suchergebnisse gezielt nach dem Übereinstimmungsgrad der Sequenz, der Anzahl der Fehler oder Lücken sowie der Länge der Referenzsequenz oder des Ausrichtungsbereichs zu filtern. Zudem haben Sie die Möglichkeit, Ihre Suche auf die Patentansprüche zu beschränken, sodass nur Patente angezeigt werden, die die Sequenz beanspruchen und nicht nur referenzieren.
Der Patentfilter unterstützt Sie bei der Durchführung von Freedom-to-Operate-Recherchen, indem er Ihnen ermöglicht, nach Rechtsstatus, Anmeldejahr und Veröffentlichungsländern zu filtern. So müssen Sie nicht zwangsläufig weltweit suchen, um identische oder ähnliche Patente zu identifizieren.
Der Relevanzfilter ermöglicht es Ihnen, gezielt nach Schlüsselwörtern (semantisch), Nummer der internationalen Patentklassifikation (IPC) und Patentinhaber suchen oder sogar Patente extrahieren, die in Rechtsstreitigkeiten, Einsprüche, Lizenzierungen usw. involviert sind.
Die Option "Erweiterte Suchen" ermöglicht Ihnen, Biosequenzsuchen mit Schlüsselwortsuchen zu kombinieren, um irrelevante Ergebnisse zu minimieren, ohne wertvolle Biosequenzinformationen zu verlieren.

Kostenlose und kostenpflichtige Datenbanken – Was ist der Unterschied?

Es gibt sowohl kostenlose als auch lizenzierte Datenbanken für die Biosequenz-Patentrecherche, aber es gibt einige wesentliche Unterschiede, die Sie beachten sollten.

Recherchen
Kostenlose Datenbanken konzentrieren sich oft auf bestimmte Websites als Quellen für Biosequenzpatente, was bedeutet, dass die Abdeckung in der Regel begrenzt und möglicherweise nicht auf dem neuesten Stand ist.
Kostenpflichtige Datenbanken decken Patentsequenzdaten umfassender und genauer ab, da sie die Informationen direkt von den Patentämtern beziehen.
Integration
Bei kostenlosen Datenbanken sind die Möglichkeiten zum Filtern der Ergebnisse nach Patentinformationen begrenzt und in vielen Fällen sind kaum Daten zu Patenten vorhanden.
Kostenpflichtige Datenbanken umfassen erweiterte Filteroptionen, die speziell für Patentexperten entwickelt wurden, einschließlich der Möglichkeit, Stichwort- und Volltextsuche zu kombinieren.
Anzeige
Kostenlose Datenbanken sind in der Regel nicht benutzerfreundlich und verfügen nur über begrenzte Informationen zur Sequenzübereinstimmung.
Kostenpflichtige Datenbanken stellen eine übersichtlichere und umfassendere Anzeige von Sequenzabgleichen zur Verfügung, die die Durchsicht erleichtern.
Datenexport
Kostenlose Datenbanken unterstützen keine oder nur sehr eingeschränkte Datenexporte.
Kostenpflichtige Datenbanken bieten unterschiedliche Formate für den Datenexport, einschließlich der Möglichkeit, Berichte anzupassen.
Support
Für kostenlose Datenbanken fallen möglicherweise keine Gebühren an, sie bieten jedoch auch keinen Support.
Kostenpflichtige Datenbanken bieten eine zusätzliche Support-Ebene als Teil der Lizenzgebühr, sodass Sie dem Anbieter Fragen stellen, Unterstützung zur Verbesserung Ihrer Suche erhalten und sogar eine Recherche durchführen lassen können, falls Sie unsicher sind oder nicht genügend Ressourcen haben.

Best Practices für die Biosequenz-Patentrecherche

Um umfassende, genaue und präzise Ergebnisse bei der Biosequenz-Patentrecherche zu erzielen, müssen Sie sowohl die Besonderheiten der Patentanmeldung als auch der Patentrecherche verstehen.

Mithilfe eines spezialisierten Tools für die Biosequenz-Patentrecherche wie Orbit BioSequence erhalten Sie die benötigten Daten, Suchparameter und Filter, um präzise Ergebnisse zu erhalten und diese weiter zu verfeinern.

Wichtig bei der Recherche von Biosequenzdaten ist, dass Sie das gesamte Patent berücksichtigen, um vollständige Suchergebnisse zu erzielen.

Schließlich kann das Outsourcing von Recherchearbeiten zu einem BioSequence-Experten zusätzliche Unterstützung bieten. Bevor Sie eine rechtliche Einschätzung abgeben oder eine Anmeldung beziehungsweise Verteidigung gegen eine Patentverletzung einreichen, lassen Sie uns die qualitativ hochwertigen Suchergebnisse finden, die Sie benötigen.

Erfahren Sie mehr über die Biosequenz-Patentrecherche, indem Sie unser On-Demand-Webinar „Beyond Traditional Prior Art Searching“ ansehen, eine Demo von Orbit Biosequence anfordern oder sich an unsere Fachexperten wenden.

Über den Autor

Juliane Wissuwa

ist Business Intelligence Consultant im Bereich Life Sciences bei Questel und hat einen Doktortitel in angewandter Mikrobiologie.